最近，有研究人員為了發(fā)現(xiàn)之前用于治療其他疾病藥物中，能夠治療透明細(xì)胞腎細(xì)胞癌(ccRCC)的藥物，他們之前搜尋了預(yù)期能夠?qū)碜园┌Y基因組計(jì)劃中的500+ccRCC樣本的基因表達(dá)水平回歸到健康腎組織樣本基因表達(dá)水平的藥物。他們研究中的混樣池RNA-seq數(shù)據(jù)的內(nèi)在限制為腫瘤樣本包含了各種各樣的癌細(xì)胞和非癌細(xì)胞，影響了差異基因表達(dá)分析。

在新的研究中，研究人員通過研究與腫瘤純度的相關(guān)性，調(diào)查了是否候選藥物重新定位能夠靶向在ccRCC細(xì)胞中表達(dá)異常的基因。當(dāng)所有的樣本在一起分析的時(shí)候，已經(jīng)鑒定過的藥物重定位能夠減少多于80%的評(píng)估腫瘤純度。因?yàn)?/span>ccRCC是一種高度血管化的腫瘤，并歸因于VHL功能的喪失和缺氧誘導(dǎo)因子(HIF)的激活，研究人員通過觀察HIF途徑的激活來對(duì)樣本進(jìn)行分層。之后，研究人員發(fā)現(xiàn)，評(píng)估的腫瘤純度與藥物重定位相關(guān)性在HIF激活的樣本中消失。該結(jié)果表明了鑒定過的候選藥物重定位能夠特異性的靶向HIF激活的ccRCC腫瘤細(xì)胞的表達(dá)基因，而不是部分腫瘤微環(huán)境中其他細(xì)胞類型表達(dá)的基因。

原始出處：

Karel K. M. Koudijs， Anton G. T. Terwisscha van Scheltinga， Stefan B?hringer et al.The impact of estimated tumour purity on gene expression-based drug repositioning of Clear Cell Renal Cell Carcinoma samples. Sci Rep. 21 Feb 2019.