關(guān)鍵字：遺傳風(fēng)險基因，CKD，炎癥，上皮生物學(xué)，網(wǎng)絡(luò)

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簡介： 摘要
全基因組關(guān)聯(lián)研究（GWASs）已經(jīng)確定了與CKD風(fēng)險相關(guān)的多個基因座。幾乎所有風(fēng)險變異都定位于基因組的非編碼區(qū)域;因此，這些變異在CKD發(fā)展中的作用在很大程度上是未知的。我們假設(shè)多態(tài)性改變了轉(zhuǎn)錄因子的結(jié)合，從而影響了附近基因的表達(dá)。在這里，我們檢測了對照和患病人類腎臟樣本中CKD相關(guān)多態(tài)性附近的轉(zhuǎn)錄本的調(diào)控，并使用系統(tǒng)生物學(xué)方法來鑒定潛在的因果基因。確定優(yōu)先順序。我們使用來自95個顯微切割對照和患病小管樣品和51個腎小球樣品的RNA測序和基因表達(dá)陣列，在44個單核苷酸多態(tài)性附近插入226個轉(zhuǎn)錄物的表達(dá)和調(diào)節(jié)。來自41個小管樣品的基因表達(dá)分析用于外部驗證。小管室中的92個轉(zhuǎn)錄物和腎小球中的34個轉(zhuǎn)錄物顯示出與eGFR的統(tǒng)計學(xué)顯著相關(guān)性。鑒定了許多新基因，包括ACSM2A / 2B，F(xiàn)AM47E和PLXDC1。我們觀察到在任何單個CKD風(fēng)險等位基因附近的多個基因的表達(dá)與腎功能相關(guān)，可能表明遺傳變異影響多個轉(zhuǎn)錄物.GFR相關(guān)轉(zhuǎn)錄物的網(wǎng)絡(luò)分析突出了兩個主要的簇;與上皮和血管功能呈正相關(guān)，與炎癥基因簇呈負(fù)相關(guān)?？傊?，我們的功能基因組學(xué)分析突出了與腎功能相關(guān)的新基因和關(guān)鍵途徑，以供將來分析。